Intenta bloqueando el SPI nuevamente!!!
Tendrias que hacer esto: Con el metodo del PoGo pones el lector en status 72, despues abres el programa de Geremia y te dira que el SPI esta desbloqueado, que si deseas bloquearlo, que lo pienses dos veces! Le dices que si y una vez bloqueado intenta seguir con la actualizacion. Con eso deberia ser suficiente!
A mi me paso con una consola y no habia manera de terminar la actualizacion (igual, con un lector 0272), lo que pasa es que (hasta donde tengo entendido) la actualizacion 13599 hace un chequeo del bloqueo del SPI en el lector 0272 y si resulta que esta desbloqueado, no puede terminar de actualizar.
Espero te ayude a solucionar tu problema.
Saludos!