Si bien he entendido lo que has dicho, sustituiste el .cfg del evox por el del xbmc. ¿Con que fin? ¿Tal vez querias que te cargara directamente el Mediacenter? Para eso, lo que deberias hacer es copiar el contenido de E:\Apps\XBMC\ a C:\ y cambiar el nombre del ejecutable del XBMC por el del evox (si se llama default.xbe, lo cambias por evoxdash.xbe, suele ser asi)
De todas formas, si ahora no te arranca, busca un autoinstaller que quepa (Por ej. el Slayer) y arranque desde un CD (Seguramente solo te vayan CDs Regrabables) y restaura el .cfg del evox o pon los archivos del xbmc en C:\
Nota: tambien puedes hacer que la bios te arranque desde E:\Apps\XBMC\ pero es mas complicado