Preguntas básicas, cuyas respuestas deberían acompañar a este post para tratar de solucionar tu problema.
¿Hd interno o externo?--> A juzgar por las respuestas se intuye que externo vía usb.
¿Formateado en fat32 o en formato xbox?
Cuando dices que FSD no lo reconoce, ¿a que te refieres exactamente?
Supongamos que tenías juegos en formato extraído (el disco está en fat32) y supongamos que el problema es que dichos juegos no aparecen listados en FSD. Si ese fuera el caso, antes de andar formateando nada, lo primero sería instalar desde cero el FSD definiendo de nuevo las rutas de los juegos (el hd usb). Se podría probar sencillamente a definir de nuevo, sin borrar FSD, pero cuesta 5min, y te ahorras posibles problemas de corrupción de base de datos.
Si concretas un poquito más, te podremos ayudar mejor. Espero que no tengas que perder el hd.
Saludos.