Yo tengo los dos instalados, y no tienes que hacer nada expecial.
1º instalas el win98 en el disco primario.
2º instalas el XP en el secundario.
Se suele hacer asi, dado que si los instalas al reves, solo te funcionaria el 2º que instalas.
Por so de elegir cual utilizar cada vez, el propio windows te crea un menu de arranque al instalar el 2º sistema operativo. Asi que cuando arrancas el ordenador de pararecerá un menu con dos opciones: Windows XP o Windows 98.