No expones en ningun momento la consola que usas (NTSC o PAL), en cualquier caso puede haber varios problemas que son los que yo creo que te pueden pasar:
-Tu TFT no acepta una resolución vertical de 50Hz (la myoria solo lo hacen como minimo a 60HZ, mientras que los CRTs todos o casi todos van a 50Hz sin problemas), si metes un juego PAL aki vas a tener problemas, porque siempre arrancan en 50Hz (aunque luego salga el selector a 60).
-Respecto a los colores psicodelicos, prueba a cambiar la opción "GAME_IN" de RGB a YPBPR, la YPBPR es la que suelen usar los cables D-Terminal y de Video por componentes, RGB suele ser para el Scart, algo parecido pasa si usas el cable RGB y lo cambias a YPBPR (se ve todo verde o raro), por defecto viene en RGB...
Salu2 y ya dirás...