Te dejará hacer todo, hasta lo que no querrías hacer si supieses lo que estás haciendo, no sé si me explico. Si por defecto no se puede iniciar una sesión gráfica con root, o dar permisos de root a un usuario desde el principio es por seguridad, para que no toques algo que no debieras cuando trasteas.
Por otro lado, me extraña mucho que no puedas instalar temas (supongo que te refieres a temas para Gnome o KDE), pues éstos se guardan directorios ocultos en tu directorio de usuario, por lo que deberías tener acceso sin necesitar a root.