uhm, la terminal te devuelve un prompt (la linea del estilo usuario@equipo $ _, desde la que puedes lanzar más comandos) ?
me parece que si lanzas el comando beryl a secas, beryl no se "desvincula" de la terminal (no se ejecuta en segundo plano), de tal manera que si cierras la terminal, cierras Beryl.
Si en el momento de ir a lanzarlo ya tienes el icono de beryl en el escritorio, haz click derecho sobre él y bajo la opción Gestor de ventanas, selecciona Beryl (En vez de Metacity que es el normal de Gnome).
Si aun no lo tienes, en vez de lanzar beryl, lanza beryl-manager. así si cierras la consola no se te morirá ni beryl ni el manager, eso si, los errores te saldrán en esa terminal.
A todo esto, vigila haber instalado el pakete emerald-themes tambien, si no, malo para poner un tema xD.
y sobre todo, paciencia y mucha más suerte!! xD