iTunes hace una copia de seguridad del iPhone, y al restaurar el FW te vuelca de nuevo los datos.
Te mantiene todo, agenda, calendarios, cuentas de correo, aplicaciones, música, notas.....hasta los SMS
Comprueba antes de nada que tienes configurada la opción de la copia de seguridad, y luego después de restaurar/actualizar el propio iTunes te dice si deseas configurar el iPhone como un iphone nuevo, o bien volcar los datos de la copia de seguridad.
Salu2