A la consola no le va a pasar nada si actualizas con juegos de tu region, con actualizaciones de otras regiones si la estropeas, así que nunca actualices con juegos de otra region distinta a la tuya, ademas como habras visto antes de hacer nada la consola te pregunta si quieres actualizar o no, es posible que despues de actualizar a la 3.3 haya juegos que no te los lea porque esten modificados, y con la 3.3 y superiores no te deja utilizarlos, pero todas tus backups sin modificar deberían funcionar.
Saludos.