Prueba para buscar de donde viene el error, saca todo de la SD al disco duro, formateala y vuelve a copiar, pero no copies todo, prueba por ejemplo a copiar tan solo el punch out, a ver si va. Si va bien, vete añadiendo, a ver si es por:
Demasiadas roms.
Espacio muy fragmentado.
Falta de espacio en la SD (no sé si por ésto puede fallar algo).
Pd.- No seas impaciente, que todo el mundo anda como loco con el backup loader de Wanin