Bueno, no estoy muy seguro, pero creo que con CXMB se puede modificar todo lo que antes se hacía flasheando; es decir, que en la práctica es lo mismo, pero sin riesgo.
Solo tienes que tratar al CTF como si se tratara de la memoria flash de la PSP, ya que dentro de los CTF se encuentra esa estructura de carpetas de la que hablas; solo tienes que extraerlas, cambiar los archivos que quieras y volver a empaquetar el CTF.
De todos modos, por mi parte ya me quedo con el original, porque en realidad nunca me acabó de convencer ninguno; tan solo los gameboots.