Hola:
Si quieres una comparacion chorra es como si para una operacion el medico en vez de abrirte con un bisturi te abriese con un hacha, en el fondo si te cose bien que problema hay?? ademas como el "agujero" es mas grande lo vera todo mejor y le saldra mejor la operacion, o no??
Es por seguridad, la cosa es, si entras en modo grafico como root, si alguna aplicacion la lia te puedes cargar el sistema, mientras que si solo usas root para lo necesario no. Por ejemplo, por alguna extraña razon a mi el amsn siempre intenta guardar las cosas en /usr/share, por lo que si eres root un clic mal puesto y te cargas algo fijo. Otro ejemplo puede ser que una aplicacion compruebe el uid, y si no es root haga lo de siempre (no se, por ejemplo reproducir musica) y si es root se dedique a cargarse el pc (x-chat creo que era te decia que como root no se ejecutaba, que eso era totalmente inseguro).
En general las aplicaciones se han de ejecutar con el minimo de permisos necesarios y separadas de las demas, asi es imposible que ya sea por un bug o intencionadamente jodan algo, por ese camino va SELinux presente en fedora/red hat. Eso sin tener en cuenta que es mas facil educar a los usuarios desde un principio que tener que lamentar despues, como ha pasado con el windows xp y sus cuentas de administrador y usuario limitado.
Seguramente haya una explicacion mas completa y mejor por algun lado, aunque no os lo creais hay una explicacion muy convincente para que en el path no este nunca puesto el directorio actual, aunque windows siempre lo tenga (si a alguien le interesa que pregunte)
Y la duda que siempre me asalta a mi, que haceis para necesitar entrar como root en modo grafico?? Yo con root solo hago dos cosas, usar la consola, por lo que con un simple "su" o "sudo su" tienes una consola de root entrando en modo grafico como usuario, y por si requieres ejecutar alguna aplicacion grafica en modo root y con sudo no funcione con un "gksudo aplicacion" en consola funciona sin problemas. Ademas asi puedes mirar internet, tener el messenger y todo lo demas estando seguro de que no se puede cargar nada.
Ademas solo el tener que salir al login y volver a entrar ya me parece un peñazo, por lo que aunque en mis principios en linux lo hize no le veo ni una sola ventaja a hacerlo.
Saludos