Creo que el yoshi's island, usa una zona especial del conector con pines, para poder comunicar el Super FX 2 con la SNES. Es posible que este sucio el conector de la snes o los pines del cartucho en esa zona.
Si ya has limpiado bien el cartucho, yo intentaría limpiar el conector de la snes.
Seguro que alguien por aquí te dice exactamente que zona es.