Pues una vez que instalas apache en cualquier distro por defecto se te crea (si no recuerdo mal) la carpeta /var/www/ haciendo un "ls -la" podras ver el dueño y grupo de esa carpeta y el index.html con el famoso "It works!", en la carpeta nueva que dices has creado y al archivo php asignales el usuario:grupo al que pertenezcan o si lo estas controlando tu todo dale los de la carpeta /var/www/.
Creo que en la web de apache hay manual sobre esto y algun que otro foro de desarrolladores con la misma pregunta.
Porcierto... Que ha hecho que te decantes por PHP y no Ruby/Perl/Python?
