Dentro de la BIOS hay un apartado que sirve para configurar las preferencias de arranque, pon el último el disco duro, y primera la unidad USB o flash...si con esto no funciona el problema puede estar en la placa base o la propia BIOS. Si ves que cambiando esto no funciona prueba a actualizar la BIOS, normalmente hay una opción desde la propia BIOS para hacerlo, y de esta forma descartamos un problema en la BIOS.
Otra opción es instalar desde un DVD, los mismo instaladores te dan opción de formatear e incluso particionar.