Buenas,
De tu caso en particular no puedo decirte nada, pero sospecho que no es porque tú hagas nada incorrecto. Creo que hay algún fallo en el propio Youtube, y lo creo porque me encontré hará unos días con otros dos casos así (y no eran vídeos recientes, precisamente). Vídeos que estaban duplicados, es decir, que terminaba la reproducción y empezaba de nuevo (sin sonido en esa segunda vuelta), y en consecuencia duraba justamente el doble de lo que debería durar.
Pensé que su autor los subió así de mal, pero ahora, al leer tu caso, veo que no es así, que debe haber algo mal en el portal.