Técnicamente cualquier socio de Youtube puede borrarte cualquier video que le de la gana, bajo la excusa de que contiene copyright, sin importar que lo monetices o no, de hecho incluso pueden ponerte anuncios para monetizarlo ellos.
Ahora, honestamente no creo que a Nintendo le importe mucho si subes vídeos sin monetización, siempre y cuando no resulten ofensivos. De hecho es mucho más fácil que te lleguen advertencias de copyright de gente que ni sabías que existían, pero eso pasa porque le sistema de detección de copyright de Youtube es una puta mierda, y basta con contestarles con cualquier mensaje para que te la quiten.
Si monetizas tienes que compartir las ganancias con Nintendo, puedes registrar vídeos individuales, o el canal entero, pero si registras el canal, tendrás que darles pasta por todos los vídeos monetizados que subas, aun si no tienen contenido de Nintendo. De hecho Nintendo es conocida por ser la compañía de videojuegos que peor trata a los Youtubers, la mayoría de compañías, no te piden nada por monetizar con publicidad.
Para ver más:
https://r.ncp.nintendo.net/guide/