Yo creo (y espero equivocarme) q el problema puede ser de la memory que sea de las de 4GB falsas que tienen problemas para reconocer la mitad de los datos.
No creo q sea problema en el firmware, pq el Ys no requiere uno de los ultimos firmwares ya q salió hace bastante tiempo y por otra parte tampoco comentas nada de q te suceda lo mismo con otros juegos, por lo q se podría descartar algún error en el firm.
Haz otro backup del juego y prueba a ver