Pues a ver...
Yo que tu cogería el Pokemon Esmeralda. Porqué? Por muchas razones.
La primera de ellas es que tienes acceso a todos los Pokemon en un solo cartucho, es decir que Pokemons que no podías atrapar en la version azul, como Goudron (el que aparece en la portada de Pokemon Rubí) lo podrás conseguir sin necesitar a un amigo que se haya acabado el juego o cosas de ese estilo.
Lo segundo es que los combates como bien dices son quizas más lentos, pero vas a opciones y le das a "quitar animación" y los combates irán más rápido ya que como en versiones anteriores, los Pokemon no se moveran. Es decir, que es sólo una opción que puedes activar (viniendo por defecto como activada), o desactivarla.
En cuanto a lo de Pokemon Box te escribo directamente lo que pone del manual:
Usando Pokemon Box Rubí o Zafiro, podrás organizar y ver los Pokemon atrapados en Pokemon Esmeralda.
Consulta la pagina 56 (bla bla bla...)
Luego recuadrado aparece:
* Cuando accedas a Pokemon Box, la opcion "Pokemon Rubí o Zafiro" no estará disponible
* De Pokemon Box, sólo podrá sacar un Pokemon el entrenador que lo dejó o su entrenador original(EO). Para qeu un entrenador distinto pueda sacar un pokemon, deberátener registrados en su Pokedex 100 o más Pokemon
* Para poder intercambiar Pokemon con Pokemon Box, tendrás que haberte registrado en el Hall de la Fama de Pokemon Esmeralda (vamos haber acabado el juego) y haber conseguido la Pokedex Nacional (vamos, volver a empezar la partida basicamente)
Pues eso espero haberte solucionado tus dudas y haberte ayudado a elegir uno de estos dos juegazos...
Ahor bien... tampoco estaría mal que empezases con Pokemon Zafiro, y te pasases los Pokemon al Esmeralda
Un saludo!
P.D: Si te sirve de ayuda, hice una pequeña Review hace poco de Pokemon Esmeralda
AQUI 
