Un port nativo sería muy buena noticia, el widescreen adaptado y resolución nativa respetando los elementos 2D queda cojonudo en el Mario 64, Zelda por otro lado hace algunas cosas que de cara al emulador son complicadas, como cuando pausas para ir al menú hace una copia del framebuffer de pantalla.
Muchos emuladores en su día ponían basura o no gestionaban demasiado bien ese menú, pero no es lo único, un aumento en la tasa de frames sería muy bienvenido también.
Luego están las escenas con fondos prerrenderizados, que con el widescreen no se llevaría muy bien, pero siendo nativo igual se podrían usar assets de la versión 3DS o otro tipo de cambios.
Los Mario 64 antiguos tienen algún defecto en Vita, en el menú de las estrellas antes de empezar la fase hay fallos, no es algo que rompa la experiencia pero si puede ser algo molesto cuando el resto funciona perfecto.
Existe el mod "Puppycam" para utilizar una cámara libre, aunque tras probarla a mi no me convenció, prefiero la original, eso sí, el bug del menú de estrellas no lo tienen las versiones compiladas con esa cámara.