Se pueden forzar a 50 fps los juegos con un comando si lo usas via command line.
Creo que el comando era -U, que es force pal timming. Lo contrario, para correr los juegos pal a 60 fps, sería -T, force NTSC timming.
Piensa que si el juego usa una protección anti-copión con la que comprueba la región de la consola, podría no funcionar, eso sí.
Cuando digo comando, quiero decir que ejecutes el emulador con ZSNESW -U (si es el de windows).
También puedes hacerte un acceso directo al mismo, un fichero.bat por ejemplo... si no sabes de qué hablo, ya seré más concreto xD