La historia de este título tiene lugar en Chernobyl, donde en 1986 se produjo el mayor desastre nuclear de nuestro tiempo. Después de 20 años del accidente, una serie de explosiones inexplicables se han sucedido en este area y desde entonces, unos extraños flujos de energía y otras señales desconocidas han surgido en este lugar flanqueado por una zona militar para resguardar el acceso. Para averiguar estos fenómenos, un grupo de científicos ha contado con la ayuda de un mercenario llamado S.T.A.L.K.E.R.
