Master Detective Archives: Rain Code tiene como protagonista a Yuma Kokohead, un detective amnésico de la Organización Mundial de Detectives (WDO, por sus siglas en inglés). Yuma no sabe nada de su pasado, pero los documentos que tiene le indican que debe ir a Kanai, una ciudad envuelta en una lluvia permanente que se encuentra bajo el control de la Amaterasu Corporation. El aprendiz de detective viaja acompañado de Shinigami, una deidad de la muerte que no se separa de su lado y que le ayuda a resolver los misterios. Shinigami aparece normalmente en forma de espíritu y solo Yuma puede verla.
Después de aceptar un caso, Yuma y Shinigami empezarán la investigación. Los primeros pasos consisten en acudir a la escena del crimen para buscar cualquier cosa sospechosa, incluyendo pistas y pruebas, e interrogar a los testimonios. Para avanzar en las pesquisas se puede echar mano del Talento forense, un poder especial que tienen todos los miembros Organización Mundial de Detectives. Cada detective cuenta con una habilidad sobrenatural diferente, incluyendo Camuflaje para imitar la voz y el aspecto de alguien, Aptitud Auditiva para detectar latidos y susurros y Retrocognición para reconstruir la escena del delito.
Cuando se hayan reunido todas las pistas aparecerá el Laberinto Misterioso, una dimensión que conecta la escena del crimen con la verdad y donde los misterios del caso del mundo real se materializan y ponen en peligro a Yuma. En el Laberinto Misterioso se debe luchar contra los Fantasmas misteriosos para identificar las inconsistencias y descubrir la verdad.
Los interesados en la edición especial de Master Detective Archives: Rain Code, deben saber que incluye el juego base junto a un libro de ilustraciones, un peluche de Shinigami en forma de espíritu de 16,5 cm, la banda sonora oficial compuesta por Masafumi Takada y un embalaje con diseños de Rui Komatsuzaki. Su precio es de 109,99 euros, mientras que la edición estándar se despachará por 59,99 euros.
