Hola , a mi me paso exactamente lo mismo y al principio kise tener todo en F:/ pero luego me di kuenta de q da igual dd los tengas , yo uso el UnleashX y el Media Center y simplemente edite los ficheros XML y puse las rutas tanto para F:/ como para G:/ y para las otras tb por si m apetecia xD y de paso cambie de nombre botones y cosillas asi.
Para los emuladores mas de lo mismo pero con los .ini. Es facil y es una alternativa al flasheo o a algo peor.
SaludoS