Yo la tengo en vertical, básicamente por estética. Me parece que la consola fue diseñada para esa posición (no hay más que ver la posición de los puertos de GC, la serigrafía de los botones, la base de apoyo, etc.
No creo que eso acorte la vida de la consola ni mucho menos, bastante peor será usar copias en DVDs de baja calidad, que fuercen la lente al leer.
Generalmente, me gustan las consolas en horizontal, pero esta generación les ha dado a todos por diseñar consolas pensadas principalmente para estar en vertical (con 360 o PS3 pasa lo mismo), así que yo las colocaría en vertical.
Un saludo