Pensaba que este tema había quedado ya más que aclarado... La respuesta es NO, no se pueden cargar backups de 3DS si no estás en versión 4.5 o inferior, y no hay forma de bajar tu versión.
Las tres opciones que tienes ahora son:
1- Descambiar tu 3DS por alguna que esté en 4.5 o menos. Es la opción que te recomiendo, si puedes.
2- Esperar. Es posible que en un tiempo exista alguna forma de cargar backups de 3DS en versiones superiores, pero no se sabe si se podrá o en cuánto tiempo. Si eliges esta opción, no actualices tu consola.
3- Actualizar a la última versión, y disfrutar de todos los juegos originales, aplicaciones etc. Seguramente cuanto mayor sea tu versión, más tiempo tendrás que esperar hasta poder cargar backups (si es que algún día puedes hacerlo).
Espero haberte sido de ayuda.