Yo la tengo en vertical desde siempre. Siempre que forme un ángulo recto con la horizontal no hay problema.
Estando en vertical además tienes el "efecto tiro" que es bueno desde el punto de vista térmico. La tengo almacenada en horizontal y cuando juego, la saco. No me cuesta nada y hasta ahora ni un problema.
Hay quien dice que la admisión de aire está en la parte de abajo y ponerla en vertical es malo porque la ahogas. Mientras esté sobre el suelo o una superficie lo bastante lisa, la entrada de aire es eficiente. Mientras no atores la salida de aire caliente con alguna pared o algo, que el aire pueda circular bien, todo irá bien.
Al aire, como a todos los fluidos, no le gustan los ángulos rectos, ni los obstáculos. Si eres capaz de eliminar esos problemas en la medida de lo posible, la presión negativa creada por el ventilador interno hará el trabajo.
Mi consejo es que coloquéis en la xbox en un lugar donde tenga al menos tanto espacio como tendría si en vez de tener esa caja, fuese una torre de un ordenador. Y tan importante o más es la admisión de aire como la salida del mismo.