Yo en PC, lo conecto y lo desconecto del USB y sí me guarda la sincronización de mi mando Pro de Wii U, así que no veo por qué al conectarlo a una Switch se podría perder.
Para mí la gracia de este accesorio es dedicar un mando exclusivamente a estar sincronizado con él (en mi caso uno Pro de Wii U que no uso en Wii U porque prefiero los mandos que se conectan al Wiimote).
De esta forma un mando que no uso (y además nunca he usado) se queda sincronizado y lo uso indistintamente en PC, Switch y PS3. Pero si hubiera que resincronizarlo por el hecho de usar ese mismo adaptador en otra consola para mí perdería toda su gracia...