Buenas, receptores / amplificadores que lean FLAC en disco duro y por red (dlna) hay de casi todas las marcas. Y los conversores digital a analógico son bastante mejores que los que lleve una tarjeta de sonido de pc.
He estado haciendo estudio de mercado porque estoy más o menos en las mismas, estoy montando un equipo de audio más pensado en música que en cine, en principio 4.0 (el sub o es muy bueno o solo hace "bum"). Echale un vistazo al Onkyo NR609 como receptor para audio y video. O al marantz nr1602, que es el que tengo por cuestión de espacio (es más bajo) y da gusto oírlo, además de que tiene un modo "puro" para música. Los dos leen flac por USB y por red, pero no leen discos en ntfs (en fat32 sí). Hasta puedes controlarlos con el móvil o por web. Son caros, si puedes prescindir del soporte de red y video 3D te ahorras 200 o 300 euros.
Sobre los altavoces, depende del tamaño de la sala y demás. Las marcas Wharfedale y Q Acoustic son famosas por su relación calidad / precio. Por ejemplo unos wharfedale 10.1 o unos q acoustic 2020i. Andan por los 200 euros la pareja. De todas formas, lo mejor es escucharlos en alguna tienda, hay infinidad de modelos más, como los Monitor Audio BX1 por 400 o los KEF Q300 por 600...
Ahora mismo tengo el marantz con unos q acoustic 2010i que irán de traseros cuando decida qué poner delante. Se escucha realmente bien.
Al final depende del presupuesto, si optas por revivir tu ampli estéreo y usar un PC de reproductor, sí que te recomiendo por experiencia que compres una interfaz de audio profesional como la emu 0404 USB o las de m-audio, se nota la diferencia respecto a una sound blaster.