Yo creo que estas son las principales diferencias:
Android: Al ser un SO libre puedes personalizarlo y hacer con el lo que te de la gana, pero el contrapunto de ser "casi" un so de ordenador es que si lo toqueteas mucho pues quizás se vuelva inestable, como todo. Por otro lado, eligiendo Android no estas sujeto a un unico telefono, sino que dispones de una amplia gama de modelos (Nexus, HTC, Samsung...)
Iphone: SO robusto, estable y rápido pero con los inconvenientes de no poder hacer nada con el al no ser libre y "supuestamente" muy buen hardware, segun he visto con el 4G, digo supuestamente porque algunos fans de apple ven a esta compañia ya casi como un dios xD
Saludos!