yo tengo 2 de 400G de 3.5 uno encima de otro pero no hago un uso intensivo, pero no he tenido nunca problemas de interferencia.
Lo que tienes que tener mucho cuidado es con la ventilación el disco encapsulado que coloques debajo si lo tienes encendido varias horas cojera una temperatura nada recomendable mas aun si no tiene ventilacion propia como ocurre con la malloria de las cajas, a determinadas temperaturas el disco disminuye su eficiencia, da errores y se puede llegar al estropear, ten mucho cuidado.
En los de 2.5 sata de bajo consumo las probabilidades de sobrecalentamiento se reducen muchisimo pero haz un seguimiento de la temperatura durante los primeros dias de uso para evitar problemas y activa las funciones del sistema para que apague los USB o los discos duros si no estan en uso (no recuerdo como se hace, pero si se que se puede hacer, al menos en Visa en las opciones de energia)