Pues haces Ctrl-C y los actualizas cuando tengas un rato... no le pasa NADA.
En otras distribuciones tambien ocurren estas cosas... por lo menos en Debian te hace una pregunta similar. Otras distribuciones ni idea...
etc-update está muy bien... he visto a gente a la que le gusta más el dispatch-conf, pero a mi no me llama mucho
Saludos.Ferdy