Teniendo ambos, diría que la única razón para que no cambie nada es que el cartucho es el mismo pero con otra pegatina, en el AOT 2 (a secas) descargas 2,4GB que es todo lo nuevo del Final Battle, pero no lo puedes activar si no tienes el cartucho del Final Battle.
Es como cuando te obligan a bajarte los DLC's de X juego pero no tienes el Season Pass, son archivos que ya tienes pero no los puedes usar.
Al menos, aún conservando icono, archivos de guardado y actualizaciones, te vuelven a dar puntos de oro con el Final Battle, otros 70.