El juego posee dos modos : RPG y Coliseo . El modo Coliseo es heredero directo de Stadium para N64 con las novedades de Rubí/Zafiro (combates dobles etc.) ,puedes usar las criaturas de tu cartucho Rubí o Zafiro o las que hayas atrapado en el modo RPG , así como las futuras Rojo Fuego y Verde Hoja . Asimismo , una vez pasado el Modo RPG puedes intercambiar criaturas entre las Ediciones de GBA y las del Modo RPG ¡Lo que hace un total de 386 PKMN para coleccionar! ¡Y en cada juego ,encima!
El modo RPG cuenta la Historia de un chico en la tierra de Orrte (nombre inglés , no sé si aquí será igual) , en la que un nuevo grupo de enemigos (el Dark Team) captura PKMN y los transforma en PKMN Oscuros . Tu misión a lo largo de Orrte es capturar todos los PKMN Oscuros y purificarlos mediante una máquina.
NOTA : Sólo se pueden transferir a GBA y al modo Coliseo las criaturas previamente purificadas.
La fuente es la página oficial del juego en Nintendo América.