eso esta bien.
A ver, cuando lo ejecutas por primera vez en tu carpeta de usuario, p ej, /home/devh te crea una carpeta llamada /.mldonkey donde tienes toda la configuracion, las carpetas incoming y temp, etc.
Si lo ejecutaste como root, te abra creado las carpeta esta en el directorio raiz, que es posiblemente donde tengas perdidos tus temporales. Que te ponga que el temp esta en ./temp significa que esta dentro de la carpeta .mldonkey en tu usuario.