Por lo que he entendido, el problema está en el formato del disco duro. Para que Multiman lo lea, tiene que estar formateado en FAT32... Y probablemente tu "Disco 2" esté en NTFS. El hecho de que instalaras desde un pendrive no tiene nada que ver, faltaría más xD
Por tanto, basta con que formatees el disco en FAT32 desde el ordenador y ya debería ir bien.