Yo tambien lo acabo de instalar y me pasaba exactamente lo mismo y de hecho a veces pasa.
Hice tantas cosas que no se cual funciono te las describo trata algo que no hayas hecho antes para ver si te funciona:
1.Checar los puntos (puede que un poco de soldadura roze algun otro y haya algun problema).
2. Flashea la bios desde otra computadora, yo lo hice y se resolvieron algunos problemas).
3. Muy importante para mi, la verdad no se si tuvo algo que ver pero checa que el chip no este volando, desconecta el cable programador e que no este haciendo ningun contacto extraño con otra cosa que no sea el plastico del gamecube.
Yo pienso que este ultimo resolvio el problema ya que acomodandolo bien la bios cobra entro de inmediato. Espero que esto te sirva.