A mi me ocurria un problema similar.
La primera vez que enciendes la consola con el chip, te aparece una pantalla para que configures el chip con el cable del programador (ya sea por USB o puerto serie), pues bueno, si fracasas a la hora de grabar la Bios en el chip, puede que luego al encender la consola te salte la Bios original de Gamecube o bien te salga la pantalla en negro.
Lo que debes de hacer, es asegurarte de que la placa base del ordenador con el que vas a escribir la Bios no es de la marca Gigabyte, porque no es compatible.
Una vez tengas un ordenador que no sea de placa Gigabyte, enchufa el cable del programador, enciende la cube (sin importar lo que aparezca en pantalla) y escribe la Bios.
Si usas Viper Extreme, recuerda desactivar la palanca 2, y verificar si todo ha ido bien dandole al boton "Verify".
Avisame como te ha ido.