Yo la consola la suelo poner en el dock siempre que no la uso, para que se recargue. Y si coincide que la uso en el dock durante bastante tiempo, la saco y juego algo con ella en plan tabletop o portátil.
Me gusta que la batería tenga algo de uso, descarga y carga, que no esté siempre al 100%. Se supone que las baterías de iones de litio ya no sufren por esto, pero en fin...
Con los joycon hago algo parecido, los suelo usar en el mando perro o con los adaptadores para cargar con pilas AA que sacó Nintendo. Procuro que se descarguen y cuando ya están flojos los pongo a cargar en la consola, voy alternando con el mando pro.
No es una cosa que me obsesione, la verdad. Con todas mis consolas portátiles y mandos hago básicamente lo mismo y no noto que hayan perdido mucho las baterías tras años de uso.