A mí no me ha pasado lo que comentáis. En mi caso lo primero que hice fue actualizar el juego a la edición de PS5. Y cuando descubrí que había que subir la partida de PS4 desde el juego de PS4, pude instalar sin problemas la edición de PS4 desde el mismo disco.
Lo único que había que hacer es darle a los 3 puntos que hay al lado de "Jugar", y ahí te sale un desplegable y una de las opciones es "Borderlands 3 - PS4" o algo así. Dándole a esa, el botón de jugar cambia a "copiar", y si le dais a copiar se instala desde el disco la versión de PS4. Imagino que en digital en vez de copiar sale descargar.
O sea, que desde la misma consola pude tener ambas ediciones descargadas sin entrar en la store.