He leído por aquí revisando páginas atrás que a muchos os pasa lo mismo que me pasaba a mi, que los juegos así porque sí iban a 20fps clavados (o por ahí, pero muy lentos, cuando normalmente no iban así antes), y que cuando abrías los cuadros de opciones, se aceleraba el juego a la velocidad normal.
Me pasaba a mi y descubrí hace tiempo que era.
Por lo visto, CEMU arrastra un bug de hace muchas versiones, en el cual si tienes configurado un mando (cual sea) desde el panel de "Input Settings", y este está desconectado, el emulador va así de lento.
Es cuestión de tener que deshabilitar los mandos que no vayamos a usar, o en su defecto, encenderlos todos cada vez que juguemos aunque no los usemos.
Es engorroso pero es lo que hay. No sé si en Reddit o GBAtemp se lo habrán comunicado a Exzap, pero vamos, que lleva yo creo desde su nacimiento este bug.