No afectan en ningún sentido lo único que hacen, por ejemplo xeno y duoq es engañar al lector y viper, qoob y similares mediante ingenieria inversa vienen a hacer lo mismo ejecutando su propia bios para controlar el lector únicamente para conseguir el arranque de discos código no firmado. También hay chips como el qoob pro con el que se pueden habilitar la ejecución de los juegos en progressive scan por ejemplo o forzar en modo NTSC/PAL, que son funciones propias de la consola, con lo que en el caso de que modificasen lo harían para mejorar.
En definitiva, no creo que se note diferencia alguna.