Pos si te bajas el paquete que hay en el hilo de "Emuladores de Softdev compilados", en el redame tienes instrucciones para hacerlo (y acabarás antes).
Si no tienes ganas, pos metes en un mismo directorio la pista de datos en formato ISO, las pistas de audio en formato MP3 y el CUE que define la estructura del CD, el programa neocdgc.exe (que está en el sub-directorio imager del source), el Lame y el ffmpeg. Tonces ejecutas en ese directorio:
> neocdgc -t archivo.cue
> convert
> neocdgc archivo.cue
Y eso debería darte un archivo NGC, que es lo que lee el emulador.