Lo mejor es el OJÍMETRO.
O sea, que pruebes una y otra y decidas tú mismo con cual te quedas, ya que cada panel es un mundo, y cada uno tenemos unos gustos determinados al respecto.
En mi opinión 1080i te dá mas resolución, o mas nitidez en imágenes mas o menos estáticas, pero 720p es mas recomendable para imágenes con mas "movimiento".
Prueba con un juego y con una película en HD, en ambas resoluciones, y compruebas personalmente con cuál te quedas.
Una opción válida sería por ejemplo algo intermedio: 720p para películas, y 1080i para juegos....pero como te he dicho.....tú mismo con tu mecanismo
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Yo personalmente con mi anterior TV, una Toshiba Regza de 42' (HD ready), prefería 1080i, pero, insisto, cada tele es un mundo, y, además de los píxeles en pantalla, suelen influir también otras especificaciones de tu panel, como puede se la circuitería de la TV, el procesado, el contraste, etc,
Ahora con mi Full HD no tengo que comerme la cabeza y dejo fijados los 1080p, jejeje
Salu2
PD: Además, ten en cuenta que las diferencias entre 720p/1080i, y 1080p no son demasiado apreciables a simple vista en paneles de ese rango de pulgadas.