FAT32: este sistema de archivos almacena los archivos en el disco duro "desordenadamente", es decir, cuando va a almacenar los archivo si tu tienes una parte del disco duro ocupada fat32 lo q va a hacer es poner ese archivo en el primer espacio libre q encuentre ya sea al "principio" del disco o al "final"(de ahi lo de desordenado).
NTFS:este sistema de archivos (mejor q fat32) almacena los archivos "ordenadamente" es decir, si tienes una parte del disco ocupada el siguiente archivo va a ir a countinuación de esa parte ocupada,osea, va a ir ocupandio espacion siempre por el mismo lado y hasta q no rellene un espacio no va al siguiente.
FAT32: almacena los archivos "a lo loko" donde primero pille.
NTFS: almacena los archivos de forma ordenada, siempre pone un archivo a continuacion de el otro.
mis disculpas por el rollo.
espero q lo hayas entendio.
salu2.