El sistema de archivos FAT32 soporta como máximo archivos de hasta 4GB de tamaño, por lo que para poder copiar más deberías pasarlo a NTFS.
Ahora bien, al estar trabajando con Ubuntu/Linux, esto se hace inviable, ya que el sistema de archivos NTFS es soportado por Linux SOLO EN MODO LECTURA, y aunque hay algunas herramientas por ahí de libre distribución, los resultados de escribir en una partición NTFS desde Linux suelen ser catastróficos...
¿Solución? si vas a trabajar únicamente en Linux, convierte el disco a Ext3, si no, déjalo en FAT32, y divide el archivo en cuestión en varios trozos, con ayuda del Winrar, el HJSplitter o el Hacha...
Otra opción es que pilles una caja externa con soporte para LAN, de modo que puedas ocnectar el disco ya sea por USB o por LAN, y así poder acceder via red local ya sea desde Linux, Windows XP o lo que sea...
Un saludo,
The Great Chibero