A ver, no me he enterado muy bien de como quieres tener las particiones pero yo que tú haría lo siguiente. Primero crea las particiones que quieras y necesites para windows y tus datos dejando espacio sin particionar que usarás para instalar linux e instala el windows. En caso de que el windows ya lo tengas instalado y no tengas espacio libre utiliza el partition magic para redimensionar las particiones de windows y conseguir espacio para linux. No crees ninguna partición ext2,3 ni nada con el p.magic, ni le des a añadir nuevo S.O. Simplemente reinicia el ordenador, pon en la bios para que arranque desde el cd y comenzará la instalación de linux. Durante la instalación, dile que use el espacio libre. Yo te recomendaría que hicieses las particiones swap, / (estas dos las tienes que hacer obligatoriamente) y home (opcional, para tus datos) Busca por el foro una FAQ sobre particiones para aclarate un poco sobre el tema.
Luego, como ya te han dicho, las particiones de windows las tendrás como directorios en /mnt/
Un saludo.