Siempre se ha recomendado poner el firmware del lector a stock, actualizar y luego flasear a cualquier firmware Lt.....
Pero no tendrás problema al flasear a Lt+3.0 y luego actualizar......ya que una vez tengas el lector flaseado a Lt+2.0 o Lt+3.0 la actualización no reflasea el lector nuevamente, ya que con dichos firmwares, ya esta adaptado el lector a XGD3, que es el fin de la actualización.
Conclusión: En tu caso, el orden, no importa.
Un saludo
Pd: te respondo lo mismo en los dos hilos.