TE comento a modo experiencia personal, porque mas que nada es lo que hago, tengo metido el devhook en las 2 memory stick (la misma version 0.46 en mi caso).
Si me aburro de un juego, simplemente hago un swap directamente en la 2.71 emulada, presiono home + L o R para pasar al anterior/siguiente backup y asi empieza a leer la memory, directamente te cargara y podras empezar a jugar.
Si tienes el DH grabado en la flash supongo que no hara falta meterlo en las 2 memory.
PD: si que se pueden cambiar las tarjetas mientras esta la PSP encendida, de hecho es la unica forma de pasar un savegame de una a otra si no tenes un pc al lado para grabarlas al disco duro, pruebalo, das a copiar un savegame, y te pide que cambies de tarjeta.