El fabricante de la placa tiene que especificarlo, el problema de montar placas mini itx en cajas microatx, es que el fabricante debe de incluir en la caja los agujeros para montar los tornillos de ambos estandares.
EDIT: Ahora que me fijo en el standar, los agujeros de mini itx coinciden con los de micro atx , asi que no hay problema